土壌DNA検査サービス（PCR-DGGE法）

畑土壌の健康状態をチェックする方法として注目されている、
PCR-DGGE法によるDNA検査を行うサービスを提供します。

土壌中の微生物のDNAをまとめて抽出し、PCR-DGGE法で解析し、『生物多様性指数』を算出します。
生物多様性指数の変化を見ることで、土壌の健康状態を評価することができるため、農薬使用の削減につながります。
（本サービスでは、生物多様性指数の算出までを行います。土壌の健康状態の評価については、ご依頼者様でご判断ください）

検査方法

PCR-DGGE法※で解析します。
（※polymerase chain reaction；denaturing gradient gel electrophoresis）
具体的には、
（１）土壌サンプルからDNAを抽出する
（２）細菌相用または糸状菌相用のプライマーを用いてPCRを行う
（３）PCR産物をDGGE法で解析し、画像データを取得する
の手順で検査を行います。
（細菌相、糸状菌相のいずれかをお選びいただきます。「両方」も可能です。）

検査料金

1検体あたり10,000円（税別）です。
ただし、DGGEを１回ランするのに相当のコストがかかるため、下記の通りとさせていただきます。

＜細菌相・糸状菌相　いずれか片方だけ解析する場合＞
1検体〜10検体まで：一律　100,000円（税別）
以降、1検体追加ごとに10,000円（税別）を加算

＜細菌相・糸状菌相　両方とも解析する場合＞
1検体〜10検体まで：一律　150,000円（税別）
以降、1検体追加ごとに15,000円（税別）を加算

※　料金には、DNA抽出、PCR、DGGE、生物多様性指数算出を含みます
※　DNAあるいはPCR産物をご用意いただける場合の料金はご相談ください


所要日数

検査開始より5〜10営業日
（混雑の程度、試料の状態などにより変動いたします。）

お申し込み方法

お問合せフォームより、ご希望の内容をご連絡ください。
折り返し、担当者よりメールを差し上げます。
詳細を確認の上、料金のお見積をいたします。

試料のご送付について

生物多様性指数の比較は、
同時に電気泳動した試料同士でしか行うことができません。
必ず、比較したい土壌サンプルを「同時に」ご依頼ください。
（例えば、土壌消毒の効果を知りたいときは「土壌消毒前」「土壌消毒後」のサンプルを同時に送る）
なお、同時に解析できるサンプル数は、１２〜１３個程度までがお勧めです。

＜土壌試料の送付上のお願いとご注意＞
・土壌試料は、篩にかけて均一化したのち、適当な容器（ジップ袋や試験管など）に入れ、冷凍便または冷蔵便でお送りください。
・調製中に乾きすぎないようご注意ください。
・ハンドリングと保管の都合上、試料の量は、『5〜10グラム程度』としてください。多過ぎは厳禁です。
・試料の袋に、試料番号または名称を明記してください。

＜試料の送付先＞
〒305-0005
茨城県つくば市天久保2-9-5-A03　株式会社リーゾ 宛
029-852-9351

解析例

＜細菌相の解析例＞
細菌相２　　

＜糸状菌相の解析例＞
糸状菌相3　

※実際にはこの後、バンドを数値化し、４種類の生物多様性指数を算出します。
Shannon Wiener’s index（H’）＝ ‐Σpi LN pi
Simpson index（1-D）＝1- Σ(pi)2
Richness：the number of bands
Evenness：H'/ln(Richness)

参考情報

『eDNA を活用した効率的かつ高精度な土壌診断技術
〜土壌DNA の解析によって土壌の微生物相を評価する〜』
（農業環境技術研究所　農業環境インベントリーセンター長　對馬誠也）
文献PDF