すいすい通信 vol.02 2011年5月号
＿┃ ☆ すいすい通信 ☆ vol.02 2011年5月6日配信 ┃＿
すいすい通信は、「株式会社リーゾ」のお客様、および関係者の皆様にお送り
しています。月１回程度のペースで配信予定ですので、よろしければ継続して
お読みいただければ幸いです。
ご迷惑な場合にはご連絡いただければ以降お送りいたしません。
_/_/_/_/ I N D E X _/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/
・リーゾのニュース………………… 今月のリーゾ
・特集………………………………… 「すにっぷすいすい」活用術
・ラボで役立つプチウラ技………… 泳動サンプル調製に便利な意外なもの
・おまけの記事……………………… 節電に協力! おいしいガス炊飯
・編集後記……………………………
■ リ ー ゾ の ニ ュ ー ス ━━━━━━━━・・・・・‥‥‥………
○「リーゾ研究部の実験ノート」が始まりました
リーゾの研究開発担当者が、日々の実験の中で生み出した工夫の数々、リーゾ
のサービスや試薬の使用例などを、軽妙な語り口でご紹介していくブログ、
「リーゾ研究部の実験ノート」を始めました。
ご研究のお役に立てる情報が、もしかしたら見つかるかもしれません。
ぜひ、時々チェックしてみてください。
http://rizo-blog.cocolog-nifty.com/blog/
○核酸抽出オリジナルプロトコル作成キャンペーンのお知らせ（継続）
難しい材料からの核酸抽出にお困りの研究者の方に、耳寄りなお知らせです。
ご指定の材料からの核酸抽出プロトコルを、無償で検討いたします。
http://rizo-inc.cocolog-nifty.com/blog/2011/03/dnarna-7ba0.html
○メールマガジンについて（継続）
「農」に関わるご研究に役立つ情報を発信していきたいと思っています。
配信先が少ないため、当面、手作業で個別に配信させていただきます。
お知り合いへのご転送、大歓迎です。メールアドレスをご連絡いただければ、
次回より配信させていただきます。
ご連絡はこちらへ
info@rizo.co.jp
■ 特 集 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━・・・・・‥‥‥………
「すにっぷすいすい」活用術
DNA多型のタイピングには、何をお使いになっていますか？
農学研究においては、SSRや、CAPSをお使いの方が多いと思います。
SSRやCAPSの利点は、PCRと電気泳動で判定ができるところ。
すなわち、高額機器がいらず、ランニングコストも安いところです。
SSRやCAPSがあればよいのですが、ない場合については、自分で塩基配列多型
を探してマーカー化するしかありません。
探すとなるとよく出てくるのは、ゲノム上に豊富に存在する一塩基多型、
すなわちSNPs （single nucleotide polymorphisms）です。
首尾よくSNPsは見つかったけれど、マーカー化はどうしよう？
運良く汎用の制限酵素切断部位に当たることは、滅多にありません。
dCAPSは作るのも難しく、制限酵素も高価で、電気泳動も精密さが要求される
など、決してハードルが低いものではありません。
そんなときは・・・
ぜひ「すにっぷすいすい」を思い出してください！
SNPs（すにっぷす）をすいすいタイピングできる、PCRマーカーを作るサービ
スです。
ご注文に必要なのは、SNPsをはさむ数百bp分の塩基配列情報と、区別したい
2種類のDNA（1μｇ程度）だけです。
2週間ほどで、「アレル特異的PCRマーカー」をお届けします。
その間にリーゾで行うことは・・・
１）塩基配列のアライメントを取り、SNPを確認
２）各アレルに特異的なPCRプライマーを設計、合成
３）グラジエントPCRを行い、特異性を確認
４）最適と思われる温度条件で、特異性を再確認
（特異性が緩い場合には２）に戻り、再設計を繰り返す）
単なる設計だけでなく、実験を行って確認し、「プライマーとデータをセット
で」お渡しするのが特長です。
さらに、使ってみて、うまくいかないときは、無償で「うまくいくまで」再検
討します。
（ご指定ののポリメラーゼや機器をお預かりして検討することもできます）
アレル特異的PCRは誰にでもできる技術ですが、難しいのは「うまくいかないと
きにどうするかです。
特異性が出ない、増えが弱い、全然増えない、などの症状を見て、プライマー
再設計の方針をどう立てるか。
セオリー通りに行かないことが多く、なかなかコツがつかめません。
ご自分でトライされる場合、ここでつまづく方が多いようです。
マーカーは多くの場合、ご研究の最終目的ではなく、ツールに過ぎません。
単なるツール作りに貴重な時間と労力を浪費することはありません。。
ぜひ私たちに任せてください！
ご参考に、これまでの実績をご紹介します。
・連鎖地図のランドマークとなるSNPsのPCRマーカー化（昆虫）
・種の識別（昆虫）
・配列が酷似した遺伝子を個別に発現解析するためのプライマー（昆虫）
・導入遺伝子と内在遺伝子を個別に発現解析するためのプライマー（イネ）
・ポジショナルクローニングのためのSNPsのマーカー化（イネ）
・準同質遺伝子系統作出のためのSNPsのマーカー化（イネ）
・複数のハプロタイプの相互識別(家禽）
・品種の識別のためのSNPsのマーカー化（イネ、ナシ）
・品種の識別のための、2塩基欠失のマーカー化（ダイズ）
・系統の識別のためのSNPsのマーカー化（菌）
・亜種の識別のためのSNPsのマーカー化（昆虫）
・指定領域のSNPsの探索からマーカー化まで（イネ）
このほかにも、いろいろな生物種で、いろいろな目的でのご依頼をお受けして
おります。
まさに、「すにっぷす 使いこなせば 百人力！」です。
「すにっぷすいすい」は、プライマー合成料、確認実験費用も含めて、
1件（SNP1箇所×2アレル）60,000円（税別）です。
試薬・消耗品扱でご注文できます。
詳しくは、リーゾHP、およびブログ記事をご参照ください。
http://rizo.co.jp/SNPs-ici.html
http://rizo-blog.cocolog-nifty.com/blog/2011/04/post-30f0.html
http://rizo-blog.cocolog-nifty.com/blog/2011/04/post-0825.html
SSR:simple sequence repeat
CAPS:cleaved amplification polymorhisms
■ ラボで役立つプチウラ技 ━━━━━━━━━━・・・・・‥‥‥………
「泳動サンプル調製に便利な意外なもの」
制限酵素処理やPCRの後で、電気泳動をする前に、ダイと混合する作業があり
ますが、そのときの容器には何をお使いでしょうか？
マイクロチューブ、PCRプレート、パラフィルムなどがよく使われているので
はないかと思いますが・・・。
意外と使えるのが「（シールの）剥離紙」です。
プレート用のシールをお使いなら、剥離紙は捨てずに取っておいてください。
そのツルツルした面に、数μLのサンプルを吐出すると、球状になって並びま
す。
サンプルの隣にダイを、やはりちょんちょんと置いていきます。
あとはチップで混ぜながら吸い取り、ゲルに載せてください。
パラフィルムより張りがあって安定しており、しかも水を弾くのでサンプルを
無駄なく吸い取ってゲルに載せることができます。
捨てるはずのものを再活用でき、使ったら気持ちよく捨てられるのもメリット
です。
言葉だけでは、良さがわかりにくいかもしれません・・・。
画像入りの説明記事が、こちらにあります。
http://rizo-inc.cocolog-nifty.com/blog/2010/03/post-51f0.html
■ コ ー ヒ ー ブ レ イ ク ━━━━━━・・・・・‥‥‥………
節電に協力! おいしいガス炊飯
ご飯を炊くのは電気炊飯器というのがあたりまえですが、土鍋を使ってガスで
炊くと、炊飯器より早くておいしいのをご存知ですか？
炊飯用の土鍋があればよいですが、普通の土鍋、または普通のお鍋でも炊けま
す。
お米をとぎ、鍋に入れ、お米の量の1割増しの水を加えて1時間ほど吸水。
火にかけて、強めの中火で10〜12分。
火を止めて、12分蒸らしてできあがりです。
（注：火の強さと時間は鍋の形状、炊く量などで加減してください。ネット上
にもたくさん情報がありますので、お好みに合う条件を探してください）
コツは、蒸らし時間が終わったら「すぐに」ほぐすこと。
熱々のうちにほぐして、余分な水気を飛ばすことで、つやつやとしたおいしそ
うなご飯になります。
保温機能はないのでだんだん冷めていきますが、こうして自然に冷めたご飯は
ジャーのご飯のように、黄色くなったり、臭くなったりしません。
そのままでも、温めなおしても、おいしく食べられます。
そしてガス炊きご飯の醍醐味は、なんといっても「おこげ」！
香ばしくて、甘くて、そのまま食べてもお茶漬けにしても最高です。
ああ、お腹が空いてきました・・・。
電力消費の多くなる季節が近づいています。
節電への協力も兼ねて、今日のご飯はお鍋で炊いてみませんか？
食べすぎにはくれぐれもご注意ください！
■ 編 集 後 記 ━━━━━━━━━━━━━━・・・・・‥‥‥………
○新緑がまぶしい季節、いかがお過ごしでしょうか？
大型連休中の配信となり、お休み満喫中の方も多いことと思います。リーゾは
暦通りですが、開店休業状態でのんびりしています。
○オフィスの水槽に続き、借りている温室でも金魚が産卵し、たくさんの稚魚
が泳いでちょっとした“ベビーブーム”のリーゾです。アフター３１１の小さ
な命たち、たくましく育ってほしいと思っています。
○最後まで読んでいただいてありがとうございました。
次回の「すいすい通信」も宜しくお願いします！
【すいすい通信】
発 行 日：月１回・第１水曜日（予定）
発行開始日：2011年5月6日
ご意見ご感想、および本メールマガジンの解除はこちらまで
info*rizo.co.jp （*を@に変えてください）
【発行元】
株式会社リーゾ
〒305-0005 茨城県つくば市天久保2-9-2-B201
TEL:029-852-9351 FAX:029-852-9351
MAIL:info*rizo.co.jp （*を@に変えてください）
HP:http://www.rizo.co.jp/
※本メールは「MSゴシック」などの等幅フォントで最適に表示されます。
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Copyright(C) Rizo Inc. All rights reserved.
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お読みいただければ幸いです。
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・リーゾのニュース………………… 今月のリーゾ
・特集………………………………… 「すにっぷすいすい」活用術
・ラボで役立つプチウラ技………… 泳動サンプル調製に便利な意外なもの
・おまけの記事……………………… 節電に協力! おいしいガス炊飯
・編集後記……………………………
■ リ ー ゾ の ニ ュ ー ス ━━━━━━━━・・・・・‥‥‥………
○「リーゾ研究部の実験ノート」が始まりました
リーゾの研究開発担当者が、日々の実験の中で生み出した工夫の数々、リーゾ
のサービスや試薬の使用例などを、軽妙な語り口でご紹介していくブログ、
「リーゾ研究部の実験ノート」を始めました。
ご研究のお役に立てる情報が、もしかしたら見つかるかもしれません。
ぜひ、時々チェックしてみてください。
http://rizo-blog.cocolog-nifty.com/blog/
○核酸抽出オリジナルプロトコル作成キャンペーンのお知らせ（継続）
難しい材料からの核酸抽出にお困りの研究者の方に、耳寄りなお知らせです。
ご指定の材料からの核酸抽出プロトコルを、無償で検討いたします。
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「農」に関わるご研究に役立つ情報を発信していきたいと思っています。
配信先が少ないため、当面、手作業で個別に配信させていただきます。
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DNA多型のタイピングには、何をお使いになっていますか？
農学研究においては、SSRや、CAPSをお使いの方が多いと思います。
SSRやCAPSの利点は、PCRと電気泳動で判定ができるところ。
すなわち、高額機器がいらず、ランニングコストも安いところです。
SSRやCAPSがあればよいのですが、ない場合については、自分で塩基配列多型
を探してマーカー化するしかありません。
探すとなるとよく出てくるのは、ゲノム上に豊富に存在する一塩基多型、
すなわちSNPs （single nucleotide polymorphisms）です。
首尾よくSNPsは見つかったけれど、マーカー化はどうしよう？
運良く汎用の制限酵素切断部位に当たることは、滅多にありません。
dCAPSは作るのも難しく、制限酵素も高価で、電気泳動も精密さが要求される
など、決してハードルが低いものではありません。
そんなときは・・・
ぜひ「すにっぷすいすい」を思い出してください！
SNPs（すにっぷす）をすいすいタイピングできる、PCRマーカーを作るサービ
スです。
ご注文に必要なのは、SNPsをはさむ数百bp分の塩基配列情報と、区別したい
2種類のDNA（1μｇ程度）だけです。
2週間ほどで、「アレル特異的PCRマーカー」をお届けします。
その間にリーゾで行うことは・・・
１）塩基配列のアライメントを取り、SNPを確認
２）各アレルに特異的なPCRプライマーを設計、合成
３）グラジエントPCRを行い、特異性を確認
４）最適と思われる温度条件で、特異性を再確認
（特異性が緩い場合には２）に戻り、再設計を繰り返す）
単なる設計だけでなく、実験を行って確認し、「プライマーとデータをセット
で」お渡しするのが特長です。
さらに、使ってみて、うまくいかないときは、無償で「うまくいくまで」再検
討します。
（ご指定ののポリメラーゼや機器をお預かりして検討することもできます）
アレル特異的PCRは誰にでもできる技術ですが、難しいのは「うまくいかないと
きにどうするかです。
特異性が出ない、増えが弱い、全然増えない、などの症状を見て、プライマー
再設計の方針をどう立てるか。
セオリー通りに行かないことが多く、なかなかコツがつかめません。
ご自分でトライされる場合、ここでつまづく方が多いようです。
マーカーは多くの場合、ご研究の最終目的ではなく、ツールに過ぎません。
単なるツール作りに貴重な時間と労力を浪費することはありません。。
ぜひ私たちに任せてください！
ご参考に、これまでの実績をご紹介します。
・連鎖地図のランドマークとなるSNPsのPCRマーカー化（昆虫）
・種の識別（昆虫）
・配列が酷似した遺伝子を個別に発現解析するためのプライマー（昆虫）
・導入遺伝子と内在遺伝子を個別に発現解析するためのプライマー（イネ）
・ポジショナルクローニングのためのSNPsのマーカー化（イネ）
・準同質遺伝子系統作出のためのSNPsのマーカー化（イネ）
・複数のハプロタイプの相互識別(家禽）
・品種の識別のためのSNPsのマーカー化（イネ、ナシ）
・品種の識別のための、2塩基欠失のマーカー化（ダイズ）
・系統の識別のためのSNPsのマーカー化（菌）
・亜種の識別のためのSNPsのマーカー化（昆虫）
・指定領域のSNPsの探索からマーカー化まで（イネ）
このほかにも、いろいろな生物種で、いろいろな目的でのご依頼をお受けして
おります。
まさに、「すにっぷす 使いこなせば 百人力！」です。
「すにっぷすいすい」は、プライマー合成料、確認実験費用も含めて、
1件（SNP1箇所×2アレル）60,000円（税別）です。
試薬・消耗品扱でご注文できます。
詳しくは、リーゾHP、およびブログ記事をご参照ください。
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http://rizo-blog.cocolog-nifty.com/blog/2011/04/post-30f0.html
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SSR:simple sequence repeat
CAPS:cleaved amplification polymorhisms
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「泳動サンプル調製に便利な意外なもの」
制限酵素処理やPCRの後で、電気泳動をする前に、ダイと混合する作業があり
ますが、そのときの容器には何をお使いでしょうか？
マイクロチューブ、PCRプレート、パラフィルムなどがよく使われているので
はないかと思いますが・・・。
意外と使えるのが「（シールの）剥離紙」です。
プレート用のシールをお使いなら、剥離紙は捨てずに取っておいてください。
そのツルツルした面に、数μLのサンプルを吐出すると、球状になって並びま
す。
サンプルの隣にダイを、やはりちょんちょんと置いていきます。
あとはチップで混ぜながら吸い取り、ゲルに載せてください。
パラフィルムより張りがあって安定しており、しかも水を弾くのでサンプルを
無駄なく吸い取ってゲルに載せることができます。
捨てるはずのものを再活用でき、使ったら気持ちよく捨てられるのもメリット
です。
言葉だけでは、良さがわかりにくいかもしれません・・・。
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■ コ ー ヒ ー ブ レ イ ク ━━━━━━・・・・・‥‥‥………
節電に協力! おいしいガス炊飯
ご飯を炊くのは電気炊飯器というのがあたりまえですが、土鍋を使ってガスで
炊くと、炊飯器より早くておいしいのをご存知ですか？
炊飯用の土鍋があればよいですが、普通の土鍋、または普通のお鍋でも炊けま
す。
お米をとぎ、鍋に入れ、お米の量の1割増しの水を加えて1時間ほど吸水。
火にかけて、強めの中火で10〜12分。
火を止めて、12分蒸らしてできあがりです。
（注：火の強さと時間は鍋の形状、炊く量などで加減してください。ネット上
にもたくさん情報がありますので、お好みに合う条件を探してください）
コツは、蒸らし時間が終わったら「すぐに」ほぐすこと。
熱々のうちにほぐして、余分な水気を飛ばすことで、つやつやとしたおいしそ
うなご飯になります。
保温機能はないのでだんだん冷めていきますが、こうして自然に冷めたご飯は
ジャーのご飯のように、黄色くなったり、臭くなったりしません。
そのままでも、温めなおしても、おいしく食べられます。
そしてガス炊きご飯の醍醐味は、なんといっても「おこげ」！
香ばしくて、甘くて、そのまま食べてもお茶漬けにしても最高です。
ああ、お腹が空いてきました・・・。
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食べすぎにはくれぐれもご注意ください！
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○新緑がまぶしい季節、いかがお過ごしでしょうか？
大型連休中の配信となり、お休み満喫中の方も多いことと思います。リーゾは
暦通りですが、開店休業状態でのんびりしています。
○オフィスの水槽に続き、借りている温室でも金魚が産卵し、たくさんの稚魚
が泳いでちょっとした“ベビーブーム”のリーゾです。アフター３１１の小さ
な命たち、たくましく育ってほしいと思っています。
○最後まで読んでいただいてありがとうございました。
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株式会社リーゾ
〒305-0005 茨城県つくば市天久保2-9-2-B201
TEL:029-852-9351 FAX:029-852-9351
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HP:http://www.rizo.co.jp/
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